Rompiendo la barrera bucal (4)

Descubrimiento y derivatización del péptido cíclico PTG-200
El descubrimiento del PTG-200

En 2016, Protagonist reveló una patente (WO2016011208) para un inhibidor de polipéptido oral dirigido a IL-23R, que incluía varias secuencias peptídicas lineales y cíclicas capaces de unirse a IL-23R. En particular, las secuencias presentadas en la Tabla 3A de esta patente se parecen mucho a las estructuras obtenidas previamente por MDL mediante presentación en fagos. Las secuencias peptídicas lineales enumeradas contienen principalmente la estructura central -WQDYW- (como se muestra en la figura siguiente). Entre ellas, la molécula más potente (SEQ ID NO.4) alcanzó una concentración inhibidora de IL-23R de 4,1 µM, con su estructura formada acetilando el extremo N del péptido 23.15 de MDL.
Vale la pena mencionar que MDL y Protagonist negociaron una colaboración sobre el péptido IL-23R en 2014, durante la cual MDL compartió la información de su investigación. En 2015, las dos partes firmaron un acuerdo de confidencialidad, pero las negociaciones terminaron en octubre del mismo año. Documentos legales posteriores revelaron que MDL presentó una demanda contra Protagonist en el Tribunal de Distrito de EE. UU., alegando infracción de patente por parte de PTG-200, que involucra las patentes US 8946150 (MDL) y US 9624268 (Protagonist). En 2018, el reclamo de infracción de patente de MDL fue desestimado porque Protagonist usó estos péptidos para desarrollar medicamentos aprobados por la FDA para enfermedades autoinmunes, que estaban protegidos bajo la regla de puerto seguro.

Volviendo al tema central de este artículo, Protagonist conservó la estructura central - WQDYW propuesta por MDL en modificaciones moleculares posteriores, pero adoptó diferentes diseños en la estrategia de ciclación. Introdujeron una Cys en la secuencia central para formar una estructura conservada - CXX-WQCYW - (como - CQTWQCYW -) y derivaron cientos de péptidos alrededor de esta estructura, aumentando la actividad a niveles nanomolares (como se muestra en el diagrama siguiente). Además, Protagonist también ha intentado varios métodos de ciclación, incluida la introducción de un enlace tioéter entre dos sitios Cys, el uso de la reacción de metátesis de olefinas (RCM) y la implementación de estrategias de ciclación de enlaces amida. Sin embargo, los resultados experimentales indican que los péptidos cíclicos por enlaces disulfuro o tioéter generalmente exhiben mejor actividad que los péptidos cíclicos por enlaces RCM o amida.

Los datos farmacocinéticos de PTG-200 (compuesto C) se divulgan en la patente: después de la administración oral a ratas en una dosis de 20 mg/kg, el compuesto se distribuye principalmente en el tejido gastrointestinal, con una exposición sistémica extremadamente baja. Entre ellos, el AUC de la mucosa del intestino delgado es de 355 μ g · h/g y el de la mucosa del colon es de 77 μ ​​g · h/g. Sin embargo, el AUC en plasma es de sólo 0,3 μg·h/ml, con una tasa de recuperación del 40% en las heces. Este compuesto exhibe buena estabilidad en diversos fluidos gastrointestinales y ambientes reductores: su vida media-es superior a 24 horas en fluido intestinal simulado (SIF), fluido gástrico simulado (SGF) y fluido intestinal humano, y también tiene una vida media de más de 2 horas en el agente reductor DTT. Los resultados del experimento SPR mostraron que no se une a IL-12R 1 solo, sino que puede unirse a la superficie de IL-23R e IL-12R 1/IL-23R coexpresado, con fuerte afinidad y valores de KD de 2,42 nM y 2,56 nM, respectivamente.

Derivado de PTG-200

En 2017, Protagonist publicó su segunda patente para inhibidores del péptido IL-23R (WO2017011820). Esta patente amplía el esqueleto de la primera patente con 227 secuencias derivadas (SEQ ID NO.1030-1256) e introduce unidades estructurales en el péptido cíclico que pueden prolongar la vida media in vivo (como se muestra en la siguiente figura). Los estudios farmacocinéticos han demostrado que después de la administración oral de 10 mg/kg de péptido NO.1185 a ratas, la concentración en plasma es mucho menor que la de las muestras de intestino delgado y colon, y la tasa de recuperación en las heces alcanza el 20 % después de 24 horas. La evaluación de seguridad mostró que el péptido NO.1185 no exhibió efectos inhibidores en 44 objetivos, incluidos receptores acoplados a proteína G, transportadores y canales iónicos a 10 µM.

Posteriormente, Protagonist publicó varias patentes de derivados basadas en estructuras PTG-200 o Péptido NO.1185, que optimizaron aún más la actividad y la estabilidad a través de derivaciones estructurales en diferentes sitios de residuos. Los detalles de las modificaciones relacionadas se pueden encontrar en las patentes WO2018136646, WO2020014646, WO2021007433 y WO2021146458. Además, Protagonist también ha solicitado una patente (WO2018022937) que cubre un inhibidor del péptido cíclico IL-23R que contiene 34 aminoácidos, que no se tratará más a fondo en este artículo.